Mit diesem Bewirtschaftungsplan sollen die auf lokaler regionaler und internationaler Ebene zutreffenden Maßnahmen koordiniert werden. Ziel ist es, die natürliche Funktionsfähigkeit der Gewässer als Lebensraum zu sichern beziehungsweise wieder herzustellen und die verbliebene Belastung der Gewässer mit Schadstoffen weiter zu reduzieren.
Dies ist notwendig, um die Vorgaben der Europäischen Wasserrahmen-Richtlinie bis zum Jahr 2015 zu erfüllen. In ihrer Abschlusserklärung sprachen sich die Vertreter Deutschlands, Tschechiens, Polens, Österreichs sowie der EU-Kommission für eine konsequente Umsetzung des "Aktionsplan Hochwasserschutz Elbe" aus, den die internationale Elbeschutzkommission im Jahr 2003 vorgelegt hatte.
Die Ministerkonferenz hat die bisher umfassendste Bestandsaufnahme der Gewässer in der Elberegion verabschiedet. Nach der europäischen Wasserrahmen-Richtlinie sind die Mitgliedsstaaten der EU verpflichtet, ihre Gewässer bis zum Jahre 2015 in einen "guten Zustand" zu überführen. Das schließt sowohl chemische als auch biologische Qualitätsmerkmale ein.
Für diese Gewässer sind im nächsten Schritt bis zum Jahre 2006 gezielte Überwachungsprogramme einzurichten sowie bis 2009 abgestimmte Maßnahmenprogramme aufzustellen und umzusetzen. Für die meisten Gewässer des Elbe-Einzugsgebietes besteht demnach weiterer Handlungsbedarf. Nährstoffeinträge von landwirtschaftlichen Flächen und Schadstoffe wie HCB (Hexachlorbenzol) und Schwermetalle verschlechtern die Wasserqualität. Uferbefestigungen, Querbauwerke, Eindeichungen und andere künstliche Bauwerke beeinträchtigen die natürliche Funktionsfähigkeit der Gewässer.